Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) merupakan salah satu lembaga mahasiswa Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Warmadewa (LMFKIK Unwar) yang terbentuk pertama dan dikenal dengan sebutan Himpunan Mahasiswa Jurusan (HMJ) Program Studi Pendidikan Dokter (PSPD) Universitas Warmadewa (2009). Seiring dengan peralihan bentuk institusi dari program studi menjadi Fakultas Kedoktera, HMJ PSPD Unwar juga bertransformasi menjadi Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) FKIK Unwar (2012). BEM LMFKIK Unwar ini berperan sebagai Lembaga Eksekutif yang mengatur dan mewadahi kegiatan maupun aspirasi mahasiswa FKIK Unwar serta suatu badan organisasi yang juga turut berperan aktif di dalam mengontrol kebijakan dan sistem yang ada institusi, sehingga terciptanya suasana lingkungan kampus yang kondusif.                   

          BEM FKIK Unwar terdiri atas 1 departemen inti dan 8 departemen yang memiliki tugas dan fungsi yang sesuai dengan tujuan terbentuknya masing-masing departemen tersebut. Kedelapan departemen tersebut yaitu, PSDM (Pengembangan Sumber Daya Manusia), KIK (Kesekretariatan, Informasi, dan Komunikasi), MIBA (Minat dan Bakat), PENGMAS (Pengabdian Masyarakat), Pendpro (Pendidikan dan Profesi), KASTRAD (Kajian, Strategis, dan Advokasi), Danus (Dana dan Usaha), dan HUBLU (Hubungan Luar). Tidak hanya departemen ini saja, terdapat juga badan kelengkapan lain yaitu Tim Bantuan Medis Baswara Prada (TBM-BP) dan KIAs (Kelompok Ilmiah Aesculapius).